Jakub Malý se narodil v Kladně. V Lovosicích vystudoval gymnázium. Ve stejné době se stal členem Českobratrské církve evangelické, ve které se chtěl stát farářem. Proto po maturitě odešel do Prahy studovat Evangelickou teologickou fakultu. Po jejím absolvování a následné roční praxi v Praze Libni přijal místo pražského seniorátního faráře. V této funkci působí už osm let. Ve svém volném čase se věnuje sportu.